为了挖掘参与巴戟天生长发育及次生代谢产物合成的MYB转录因子，本研究基于巴戟天根茎叶的转录组数据，筛选并鉴定巴戟天的R2R3-MYB转录因子，为以后通过遗传改良的手段调控巴戟天的代谢机制提供理论基础。根据巴戟天根茎叶的转录组数据，利用PFAM和plantTFDB等5个数据库，对预测的巴戟天R2R3-MYB基因进行鉴定，GO功能注释和分类、保守结构域分析、进化树比对分析和组织特异性表达差异分析。基于巴戟天的转录组数据共鉴定109个MYB转录因子，其中R2R3-MYB的数量为51个。亚细胞定位结果显示多数序列定位于细胞核，少部分位于细胞外基质。与分子功能、生物过程和细胞组分相关的GO terms的数量分别为112、76和239个。51个巴戟天R2R3-MYB转录因子中的R2-MYB和R3-MYB的保守基序分别为：-W-(X₁₉)-W-(X₁₉)-W-，-F-(X₁₈)-W-(X₁₈)-W-。通过与拟南芥R2R3-MYB转录因子的序列比对分析可知，除了S10、S19和S21亚家族没有分布，其他亚家族中都存在同源序列。RT-qPCR的结果验证了部分R2R3-MYB基因在3个组织差异性表达。获得的51个R2R3-MYB转录因子为进一步研究巴戟天MYB转录因子家族提供了一定的理论基础。