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据估计，深海有孔虫种的交替速率为 2％ /Ma，比新生代浅水底栖 (5％ /Ma)或者浮游有孔虫 (11％ /Ma)明显偏低。白垩纪—第三纪边界 (65 Ma)或附近的事件引发了陆地和浅水以及部分半远洋生物的灾难性绝灭，但是对深海底栖有孔虫的影响很小。大部分深海有孔虫绝灭 (30％～ 50％的种消失了 )出现于晚古新世冰后高温期 (LPTM， 55 Ma)，它起因于贫氧、温暖的侵蚀性底层水以及同时发生的表层生产力的变化。晚始新世至早渐新世 (36～ 30 Ma)和中中新世也发现了深海底栖有孔虫的种类交替增