北祁连山是发育在新元古代大陆克拉通背景上的板内造山带，它的形成经历了三个构造发展阶段：（１） 早古生代是克拉通裂解的拗拉槽而不是大洋盆地，其西延部受阿尔金断裂左行错移约３５０ ～４００ ｋｍ ，对应于塔里木盆地北部的满加尔 阿瓦提坳陷，它们共同构成了“西域板块”之上的震旦纪 早古生代统一的拗拉槽，早古生代末“祁连事件”使拗拉槽闭合形成古祁连山。（２） 晚古生代 中三叠世古祁连山遭受夷平，作为新克拉通盆地的一部分，接受了稳定型沉积，中三叠世末由于羌塘板块碰撞的影响，引起了印支期的板内褶皱，但并未形成强烈的造山带。（３） 中生代 第三纪北祁连处于准平原化阶段。造山带最终形成于早更新世末的晚喜马拉雅运动，属于推覆造山，与整个青藏高原的隆升同步，它们都受控于印度板块与欧亚大陆板块的陆 陆碰撞