目的:通过分子系统学方法,探讨新疆地区贝母属物种的亲缘关系,为该地区贝母类药材的合理使用提供科学依据。方法:选用mat K、rpl16及ITS片段,利用最大似然法(Maximum likelihood,ML)、最大简约法(Maximum parsimony,MP)、贝叶斯分析法(Bayesian inference,BI),构建贝母类药材的基原物种的系统发育树。结果:伊犁贝母、新疆贝母、托里贝母、裕民贝母、黄花贝母组成新疆贝母群;额敏贝母与东北地区的平贝母构成一群;砂贝母又与额敏贝母和平贝母共同构成一个大支。结论:从分子系统学角度,托里贝母、黄花贝母、裕民贝母与伊贝母药材两基原植物亲缘关系较近,具有作为伊贝母使用的潜在可能。砂贝母、额敏贝母与伊贝母药材两基原植物亲缘关系较远,作为伊贝母使用值得商榷。