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联机扣税是纳税人、税务机关和纳税人开户银行签订"三方协议"后,由税务机关发起扣税信息,国库信息处理系统转发纳税信息给指定付款银行,付款银行收到后予以扣款,将扣款结果回执通过国库信息处理系统返回税务机关,并由商业银行通过支付系统与国库清算联机扣税资金的税款缴纳方式。联机扣税是电子缴税的主要方式。