在重大事项决定权的行使上，程序在某种程度上比实体更加重要。总体来看，决定权行使程序上主要存在以下问题：
　　（一）在启动程序上，确定议题模糊。我们一般将重大事项分为三类：第一类是议而必决的，即法定由人大常委会作出决议决定的事项；第二类是议而可决的，即应当向人大常委会报告，常委会可以审议，必要时作出决议决定的事项；第三类是议而不决的，即应当报人大常委会审查或备案的事项。对于这三类特别是第二类事项，现实中比较难把握，往往都是由主任会议决定是否向常委会提出议案。重大事项的启动的主体单一、涉及面窄，实现和保障地方人大常委会对某事项是否属于“重大事项”的判断缺乏可依的操作程序。
　　（二）在讨论程序上，民主议事欠缺。与其他议案不同，涉及重大事项的议案通常与人民群众的生活关联度更大，往往存在较大的争议。但在现实中，许多重大事项的审议程序尚未体现协商民主精神，特别是没有吸收最广泛群体的意见，调查研究、专家咨询、科学论证等机制不健全。
　　（三）在决定程序上，表决过于形式。地方人大常委会审议决定重大事项，理应产生有约束力的决议决定，以巩固会议的权威性和刚性。但现在往往是走过场，有时候议而不决、审而无果，即使有决也仅仅是提几条原则性意见，既没有刚性要求，也没有实质内容，不利于“一府两院”执行，也不利于方便群众监督。
　　（四）在处理程序上，后续督查乏力。当前，许多地方人大常委会只重视决议决定的审议过程，对其贯彻执行的情况抓得不够，缺乏必要的监督措施，后续跟踪督办还处于非制度化的状态，具有一定的随意性。同时，对“一府两院”及其有关部门执行决议决定的情况缺乏科学的绩效评价和强有力的刚性约束手段，质询、组织特定问题调查等监督手段，在实践中往往被束之高阁，成了“屠龙之技”。