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【目的】比较ITS2、ITS、psbA-trnH、rbcL、matK序列对海南大戟科植物的鉴定能力。【方法】利用PCR测序法对供试样本目的片段进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA 6.0进行相关数据分析,利用TAXON DNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析。【结果】5条候选序列的序列获得率分别为86.96%、76.81%、89.86%、79.71%、49.28%;ITS2序列的变异系数和信息位点系数最大;ITS2序列存在明显的bar