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用激光扫描共聚焦显微镜（LSCM）检测绿色荧光蛋白（GFP）标记的细菌常用来确证植物内生细菌的内生特性。本文通过用GFP标记的内生细菌侵染植物根,用LSCM分别检测植物的根段或根的徒手横切片,显示LSCM系统的无损伤光学切片和正交切割成像适用于确证GFP标记细菌在植物根内定殖,显示徒手切片对揭示细菌定殖模式及其入侵途径的不良影响,并依此更新LSCM检测GFP标记细菌在植物根内定殖的方法。