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体外实验业已证明shh基因的启动子受HNF3β蛋白直接调控。为研究斑马鱼shh启动子在体内的作用模式，构建了由538bp斑马鱼shh启动子(包含两个HNF3β结合位点)与绿色荧光蛋白EGFP组成的表达载体，命名为pShh-EGFP。将pShh-EGFP注射到斑马鱼1-细胞期内的受精卵中，定期在倒置荧光显微镜下观察GFP的表达。GFP在原肠作用期就开始表达，主要发生在中轴下胚层中；在体节形成期，GFP在脊索细胞中表达，但未发现在神经底板细胞中表达。由此可见，含两个HNF3β结合区域的538bp的斑马鱼shh