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据初步统计,安徽省休宁县齐云山山区共有种子植物125科,511属,867种.与邻近山地相比,种子植物的丰富程度次于黄山(134科、537属、1 058种)、清凉峰(142科、547属、1 083种)和牯牛降(151科、582属、1 117种).该区种子植物区系起源古老,地理成分复杂,各类热带、温带成分和中国特有成分分别占该区种子植物属总数的42.0%、54.3%和3.7%,显示该植物区系具有明显的中亚热带特性.该区系与黄山、清凉峰、牯牛降、六股尖区系的关系密切,而与天堂寨区系关系较远.