2016年以来，中央财政围绕“补短板、调结构、转方式、促改革”，突出农业供给侧结构性改革，支持优化农业生产布局，大力推进精准扶贫，增强农业农村发展活力，推进农业可持续发展取得积极进展。
　　试点涉农资金配置权下放给贫困县
　　2016年，全国脱贫攻坚战全面展开，中央和省级财政专项扶贫资金投入首次超过1000亿元。其中，中央财政安排补助地方财政扶贫资金660.95亿元，较2015年增长43.4%。中央财政农业农村投入的新增资金，重点用于扶贫开发，主要向中西部农村贫困地区倾斜。
　　同时，开展贫困县涉农资金整合试点，将一部分财政涉农资金的配置权，完全下放给处于脱贫攻坚第一线的贫困县，由贫困县根据脱贫攻坚需要，自主统筹使用，促进精准扶贫、精准脱贫。截至2016年11月初，全国22个试点省份共确定试点县961个，其中片区县和重点县792个，占全国832个片区县和重点县的95.19%。
　　支持耕地地力保护和适度规模经营
　　“按照中央1号文件精神，2016年农业‘三项补贴’改革全面推开，明确以绿色生态为导向，加强耕地地力保护，促进适度规模经营。”财政部农业司司长、国务院农村综合改革办公室主任吴奇修介绍，2016年，中央财政共拨付农业支持保护补贴资金1442亿元，支持耕地地力保护和适度规模经营。
　　在全国范围内，将农作物良种补贴、种粮农民直接补贴、农资综合补贴合并为“农业支持保护补贴”，进一步调整完善农业“三项补贴”政策方向。对于普通农户，鼓励主动保护耕地地力，加强了农业生态资源保护意识；对于种粮大户等新型经营主体，通过这次政策调整获得了信贷担保、贷款贴息、重大技术推广与服务等方式的支持，更好地调动他们的种粮积极性；对于基层部门工作，统一农业“三项补贴”资金的审核和发放程序，降低了政策实施成本。
　　中国农业大学中国农村政策研究中心对5个试点省10个县、20个行政村、309户农民进行了实地调查，结果显示，94.15%的農户表示接受农业“三项补贴”改革，对补贴资金调整表示理解，平均满意度达到83.7%。
　　同时，中央财政继续加强农业资源保护和农林生态修复，进一步优化农业生产布局，并发挥市场机制作用，完善农产品市场调控制度。
　　加大投入力度，支持农村发展
　　2016年，中央财政加大投入力度，支持扩大重金属污染耕地修复治理等试点，大力促进农业、农村废弃物综合利用等生态友好型农业发展，促进“土地转绿”。中央财政还安排农业综合开发资金404亿元，集中力量建设高标准农田。
　　在推动美丽乡村建设、扶持集体经济发展方面，2016年中央财政安排资金224.05亿元，继续实施一事一议财政奖补政策，推动村级公益事业发展。中央财政安排资金29.45亿元，继续组织实施了一批“村庄美、产业兴、农民富、可持续”的美丽乡村建设项目。
　　为解决新型农业经营主体“融资难”“融资贵”问题，2016年中央财政安排230亿元，继续用于支持粮食适度规模经营，重点支持建立健全全国农业信贷担保体系，力争用3年时间建成政策性、独立性、专注于农业、覆盖全国的农业信贷担保体系。