随着“营改增”的逐步实施，工程总承包项目（EPC）中设计部分（E）因为属于现代服务业，已被纳入“营改增”的范围，征收增值税。因此大部分设计院已经取得增值税一般纳税人资格，同时为了能够从传统设计院成功转型为工程公司，许多设计院将经营范围扩大到了商品购销以及进出口，可开具设计服务业6%增值税专用发票和商品购销17%增值税专用发票。总承包合同具有建造合同的特点，因此设计院承接工程总承包项目时，将涉及到增值税和营业税的核算和缴纳。
　　一、会计处理的常规做法
　　（一）税务处理方面
　　由于企业购买设备所含的增值税允许进行抵扣，因此总承包项目的业主希望能取得增值税专用发票。为了能够争取到总承包项目，设计院往往允诺业主开具增值税专用发票。总承包方按照购买设备和材料取得的增值税票确认进项税额，按照给业主开具的增值税发票确认销项税额，按进销差额交纳增值税。但是从《营业税暂行条例实施细则》第七条和第十六条可以看出总承包方采购的设备和材料会被税务局认定为计税营业额，缴纳营业税。因增值税与营业税分别属于国税和地税管理，异地施工的总承包项目涉及的国税和地税还可能处于不同的省市，重复纳税的情况时有发生，这将大大降低项目利润。
　　以F总承包项目为例：某市政设计院拥有市政公用行业甲级、建筑行业建筑工程甲级等工程设计资质，可承接工程总承包和商品购销以及进出口等业务，具有增值税一般纳税人资格。该市政院承接的F污水处理厂总承包项目，合同总价为10000万元，其中设计费1000万元，设备费5000万元，安装费1000万元，土建费3000万元，设计成本800万（不进行分包），安装费1000万元和土建费3000万元进行全额分包。设备采购价4500万元，供货商可开具增值税专用发票。为了核算方便，在此不考虑税务等其他因素。具体如下：
　　单位：万元
　　[项目＼