目的:研究福建省40家县级综合性公立医院的综合效率、技术效率和规模效率变化情况,以及全要素生产率随着时间变化的情况,为提高县级综合性公立医院运营效率提供决策依据和参考。方法:收集2009—2014年福建省40家县级综合性公立医院运营相关数据,运用数据包络分析法(DEA)的CCR、BCC和Malmquist模型进行分析。结果:40家县级综合性公立医院中绝大多数处于规模递减状态,2009—2014年的全要素生产率为1.019,21家(52.5%)医院生产率有所提高,其中3家医院生产率提高是由于技术进步,3家是由于效率提高,15家是由于技术进步和效率提高共同作用。结论:福建省县级综合性公立医院效率总体不足,且不同地区医院运行效率有差异,山区医院效率有所提高,沿海地区医院效率出现下降。因此,政府在加大对县级综合性公立医院投入时,应采取差别化政策,注意合理控制医院规模,同时应加强内涵建设,重视医疗技术的提升。