【摘 要】
:
细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程.去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明.作为去泛素化酶的一种,USP 10在许多生物过程和癌症中都发挥重要的作用.为了进一步探索USP10在细胞中的功能,采用免疫沉淀与质谱联用(IP-MS)的方法鉴定USP10的相互作用蛋白质.通过Flag柱子的富集方式(Flag-USP10 IP-MS)共鉴定出165个与USP 10相互作用蛋白质.通过USP10内源抗
【机 构】
:
中国科学技术大学生命科学与医学部医药生物技术系,合肥230000;中国科学院广州生物医药与健康研究院细胞生物学系,广州510000;生物岛实验室细胞命运和谱系研究中心,广州510000;中国科学院广州
论文部分内容阅读
细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程.去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明.作为去泛素化酶的一种,USP 10在许多生物过程和癌症中都发挥重要的作用.为了进一步探索USP10在细胞中的功能,采用免疫沉淀与质谱联用(IP-MS)的方法鉴定USP10的相互作用蛋白质.通过Flag柱子的富集方式(Flag-USP10 IP-MS)共鉴定出165个与USP 10相互作用蛋白质.通过USP10内源抗体的富集方式(USP10 antibody IP-MS)鉴定出192个USP10相互作用蛋白质.基因本体(GO)分析表明,USP10的互作蛋白质中存在一组与无义介导的mRNA降解(NMD)相关蛋白质,包括无NMD的核心因子UPF1(Up-frameshift 1).进一步验证了USP10和UPF1在细胞质中共定位.此外,还确定了UPF1通过其HD结构域与全长的USP10相互作用.本研究提供了新的USP10相互作用蛋白质,为探索其在RNA调控和NMD通路中的重要性提供线索.“,”Regulation of the intracellular ubiquitination is a dynamic equilibrium reversible process,which is regulated by ubiquitination and deubiquitination.Deubiquitinases (DUBs) is a family of proteins that catalyze the deubiquitination of protein substrates.DUBs play a key role in many complex cellular processes,but the function and mechanism are not fully understood.USP10,a member of DUBs,is involved in multiple biological processes and tumor progression.To further explore the functions of USP10,we utilized immunoprecipitation coupled with mass spectrometry (IP-MS) to identify the interacting proteins of USP10.We identified 165 significant interacting proteins of USP10 by Flag-USP 10 IP-MS,and 192 significant interacting proteins using USP10 antibody IP-MS.The gene ontology (GO)term enrichment analysis revealed that there is a set of interactors related to nonsense-mediated mRNA decay (NMD),including UPF1 (Up-frameshift 1),a central factor of NMD.We further verified the subcellular colocalization of USP10 and UPF1 in cytoplasm.In addition,we also identified UPF1 interacts with full length USP10 through its HD domain.Our study identified new associated proteins of USP10 and provided important clues in understanding RNA regulation and NMD pathway.
其他文献
睾酮(testosterone,T)是雄激素家族的主要成员,其生物合成受下丘脑-垂体-性腺轴调控,它是驱动哺乳动物性别分化和身体发育的重要激素.睾酮对机体发挥调控作用的途径包括雄激素受体(androgen receptor,AR)介导的基因组途径和不依赖AR的非基因组途径.基因组途径是睾酮穿过细胞膜在胞质中与AR结合,而后配体受体复合物转移进入细胞核与雄激素应答基因启动子区的雄激素反应元件(androgen response elements,ARE)结合,进而调控下游基因表达.睾酮通过与细胞膜上的受体结
长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度超过200 nt核苷酸转录本.研究表明,lncRNA可以调控细胞分化、免疫反应和细胞凋亡等生理过程,在多种代谢性疾病和癌症的发生与发展中发挥重要作用.在上述生理或病理过程中,lncRNA通常作为基因表达调控因子,引起下游靶基因异常表达,但lncRNA在这些疾病中本身的差异性表达是如何被调控的,尚不清楚.LncRNA的表达同基因组其他基因一样,在DNA水平、转录水平和转录后水平均受到调控.DNA水平的调控是基因表达调控最主要的环
在胚胎发育中发挥重要作用的许多基因,其异常表达或突变常与疾病密切相关,斑点型BTB/POZ蛋白(speckle type BTB/POZ protein,SPOP)是其中之一.SPOP是E3泛素连接酶接头蛋白质,主要由MATH、BTB和BACK结构域构成,其功能正常发挥依赖于多个结构域各自不同的作用.SPOP主要通过泛素-蛋白酶体途径促进其靶蛋白质的降解来发挥作用.目前发现,SPOP底物蛋白质有30多种,其中大部分与前列腺癌、子宫内膜癌和肾癌的发生发展相关.SPOP在机体发育过程中也发挥重要作用,缺失或者
外泌体是细胞分泌的纳米级囊泡,富含多种生物活性物质,是细胞间通讯的重要媒介.长非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)可从多个方面影响肿瘤的发生发展,并能特异地分选入外泌体中.肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)是由肿瘤细胞及非肿瘤细胞(例如内皮细胞、免疫细胞、成纤维细胞等)及细胞外基质等共同构成的内环境,对肿瘤的发生发展发挥关键作用.肿瘤细胞释放大量外泌体到TME中.本文从肿瘤外泌体lncRNA调控受体细胞的角度,总结了肿瘤外泌体lncRNA
外泌体是由细胞向胞外间隙和体液中分泌的具有双层脂质膜的小囊泡,外泌体携带遗传物质、蛋白质、脂质等多种生物大分子,从而促进细胞之间的交流.环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类新兴的基因表达调控子,可作为微小RNA(microRNA,miRNA)“海绵”调控基因表达,广泛存在于多种生物细胞中,在转录前及转录后通过不同的调节网络影响细胞的生命进程.外泌体环状RNA在生理与病理的生物学过程中扮演的重要角色也日益受到关注.利用外泌体的靶向运输特性,外泌体环状RNA能够通过外泌体运送到全身组织
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类结构上形成闭合环状的非编码RNA,在真核转录本中含量很高,具有丰富、稳定、高度保守和组织特异性等特点.近年来逐步揭示,circRNA能够与某些miRNA或蛋白质结合,参与生物发生和分子功能的调控机制,包括miRNAs分子海绵、蛋白质翻译、基因转录和RNA剪接调控.随着高通量测序和生物信息学应用,circRNA以其特殊的性质逐渐成为非编码RNA领域的新型研究热点.最新研究证据表明,circRNA在肿瘤的发生发展中发挥关键作用,并与细胞增殖、凋亡、血
在哺乳动物中,作为能发育成精子或卵子的始祖细胞,原始生殖细胞(primordial germ cells,PGCs)在生命繁衍、遗传信息传递中发挥着关键作用.然而,目前人们对于灵长类PGCs分化过程中的基因功能模块和分子网络知之甚少.在本研究中,首先诱导食蟹猴胚胎干细胞向PGCs分化,在该过程的不同阶段(第0d、第2d与第4d)分别进行单细胞转录物组测序(scRNA-seq),并基于加权基因共表达网络分析(WGCNA),鉴定其中的功能模块.结果 共获得食蟹猴PGCs分化day 0、day 2、day 4三
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是一种危害人类健康的恶性肿瘤.跨膜糖蛋白Embigin(EMB)是免疫球蛋白超家族成员之一,参与调控肿瘤细胞的增殖和迁移,然而,其在结直肠癌进展中的作用和机制仍不清楚.本研究旨在分析EMB在结直肠癌中的表达及其临床意义,研究其对结直肠癌细胞增殖的影响及其作用机制.免疫组织化学、实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法结果表明,EMB在结直肠癌组织和细胞中表达下调(P<0.01),EMB的低表达与结直肠癌的不良分化、TNM分期和患者的不良预后呈显著正相关关系(P
G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含鸟嘌呤碱基的DNA或RNA序列组成的非典型核酸二级结构.在过去几十年中,人们着重研究了基因启动子区、UTR、端粒等常见基因功能区中的富G序列,探讨其结构与功能之间的关系.近些年,随着对非编码RNA在人类基因表达调控和疾病关系中的深入研究,非编码基因,尤其是miRNA中的富G序列也在受到更多的关注.富G序列参与miRNA的整个生理过程,从miRNA初级转录本(primary miRNA,pri-miRNA)、miRNA前体(precursor miRNA,
分化抑制因子(inhibitor of differentiation,Id)属于螺旋-环-螺旋蛋白家族成员,通过与其他HLH蛋白质形成异源二聚体而发挥转录负调控作用,抑制基因的表达.Id可促进细胞的增殖,抑制细胞分化.尤其在多种免疫细胞的发育和分化过程中,Id发挥着必不可少的作用.本篇综述主要介绍了近年来关于Id家族各成员在先天性和适应性免疫系统中如何调控多种细胞谱系的产生及命运决定的最新研究进展.Id通过与E蛋白等不同的转录因子相互作用,在自然杀伤细胞、先天性淋巴细胞、T细胞和B细胞等的分化过程中具有