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目的优化胚胎鼠肌组织蛋白质组双向电泳分析方法。方法以固相pH梯度胶条等电聚焦为第1向，以十二烷基磺酸钠（SDS）聚丙烯酰胺凝胶电泳为第2向，对孕21d大鼠胚胎胫骨后肌总蛋白进行双向电泳，经银染或考马斯亮蓝染色，并采用ImageMaster 5．0软件分析处理。在不同的3张胶上选一对应点进行质谱分析和网络数据检索鉴定。结果获得了分辨率及重复性均较好的二维图谱。对应点质谱数一致。结论通过条件优化双向电泳结果能满足胎鼠肌组织蛋白质点分析鉴定需要。