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三台核桃是经过长期天然和人工选育的云南省目前主要推广的优良核桃品种之一;铁核桃是云南省天然分布、品质较差的核桃类群,常作砧木。研究采用ISSR-PCR分子标记技术,通过广泛的引物筛选及特征指纹图谱分析,对二者进行分子鉴别,同时对113份三台核桃样本和20份铁核桃样本进行了基于遗传距离的UPMGA聚类。结果表明,引物825对于三台核桃223,329,368和421 bp的4个特异标记,可以将二者区分开,并由此绘制了三台核桃和铁核桃的特征分子指纹图谱。