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生物肥料，一般称为微生物肥料，又叫菌肥，或称为微生物菌剂、微生物接种剂、活菌肥料等，是指肥料自身含有相当（特定）数量的对植物有益的微生物，应用后可使农作物获得特定的肥料效应。
一、使用微生物肥料的益处
（一）提高土壤肥力和化肥利用率
微生物肥料施入土壤后，将土壤中难溶的无机物变成可溶性的无机物，起到解磷、解钾、固氮作用，增加土壤中的有效N、P、K含量，并可解析土壤中的10多种中、微量元素，将作物不能从土壤中直接利用的物质转化成可被吸收利用的物质，制造和协助农作物吸收营养，改善作物营养条件，提高化肥利用率，减少化肥的用量，降低成本。土壤中大量微生物的活动使土壤有机质转化形成腐殖质，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤肥力，改善土壤理化性状，增强土壤蓄肥、保水能力，从而提高作物的产量，改善农产品品质，如蛋白质、糖、维生素等含量的提高。
（二）刺激和调节作物生长
许多微生物肥料中的微生物可产生对植物有益的代谢产物，如生长素、细胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素、多种维生素、氨基酸等等，能够刺激和调控作物代谢，使植物生长健壮，营养状况得到改善，进而达到增产的效果。如生物发酵的氨基酸叶面肥，能刺激作物生长发育，促进酶的活力，增强抗病抗逆作用，对生根、促长、保花、保果等生理过程都有一定作用。所以，我们在选择氨基酸做叶面肥时，首先尽量采用生物发酵的氨基酸，这更加有利于提高产品质量和使用效果。
（三）增强植物抗病虫和抗旱能力
多种微生物可以诱导植物产生具有防御效应的过氧化物，利于防病抗病，如产生抗菌素类物质；有的微生物则是在根系形成了优势种群，限制了其他病原微生物的生长繁殖机会；有的微生物对病原微生物还具有拮抗作用，降低了作物病虫害的发生。此外，菌根真菌可增加作物根系水分吸收，有利于提高植物的抗旱能力。
（四）生产绿色农产品的理想肥料
微生物肥料具有保护和促进农作物生长，不造成农作物产生和积累有害物质，且显著减少作物体内硝酸盐及重金属含量，改善农产品品质等作用。由于微生物肥料能缓和或减少农产品污染，符合生产安全、无公害绿色农产品的肥料原则要求，已被中国绿色食品发展中心列入发展生态农业、生产绿色食品允许使用的肥料，因此可成为生产绿色食品的主导肥料。
（五）保护农业生态环境
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料，不但起到资源再利用、节约能源，减少环境污染作用，还可减少化肥和农药的使用量，降低环境污染生产成本。另外，微生物肥料，能分解土壤中长期施用化肥、农药的残留，溶解污水灌溉后的重金属残毒，起到净化土壤，保护农田生态环境的作用。
二、正确选用微生物肥料
目前，虽然微生物肥料种类很多，但使用不是很普及，而且供应市场比较混乱，伪劣产品较多，农业生产者在购买、贮藏及使用时易出现盲目性。
1.一定要选用质量有保证的产品，即产品是经国家农业部指定单位检验登记并取得了生产许可证。选购时要注意此产品是否有严格的检测登记程序以及是否有农业部颁发的生产许可证。否则，质量质量有可能出低下、杂菌含量高或过期等问题。
2.注意在产品有效期内选用。产品中有效微生物数量是随保存时间、保存条件的变化逐步减少的，若数量过少则会失效。因此，虽然一般微生物肥料标明有效期为l～2年，但最好选用当年产品。坚决放弃霉变或超过保存期的产品。
3.应严格按规定存放产品。微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，因此，必须按产品说明书进行科学保存，避免阳光直晒，防止紫外线杀死微生物，贮存环境温度应以15～28℃最佳。
4.禁止与某些化肥、杀菌剂或种衣剂混合使用，作物的整个生育期内也应避免使用土壤杀菌剂。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
5.通過合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气、湿润状况，保证土壤中能源物质和营养供应足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。
6.各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。如：根瘤菌肥，适宜于中性微碱性土壤，多用于拌种。每亩用量15～25g，加适量水混匀后拌种。拌种时及拌种后要防止阳光直射，播后立即覆土。剩余种子放在20～25℃背光地方保存。若用农药消毒种子，要在拌种前2～3周拌药。固氮菌肥特别适合叶菜类，作基肥应与有机肥配施，施后立即覆土；作追肥时用水调成稀泥浆状，立即覆土；作种肥时加适量水混匀后与种子混拌，稍后即可播种。“5406”抗生菌肥，浸种或拌种每亩用量500g；还可用菌肥7.5kg加入棉籽饼粉2.5～5kg，碎土500～1000kg，过磷酸钙5kg，拌匀后覆盖在种子上。施用时必须配施有机肥料和化学肥料，忌与硫铵、硝铵混用，但可交叉施用。磷细菌肥，拌种时随用随拌，不能和农药及生理酸性肥料混用。拌种量为1kg种子加菌肥0.5g和4g水。基肥用量每亩1.5～5kg，施后覆土。追肥宜在作物开花前施用。钾细菌肥，作基肥与有机肥混施，每亩用量10～20kg，施后覆土。拌种时加适量水制成悬液喷在种子上拌匀。蘸根时1kg菌肥加清水5kg，蘸后立即栽植，避免阳光直射。
7.对于不同蔬菜种类具体可采用不同使用方法。如茄果类、瓜菜类、甘蓝类等蔬菜，每亩所用育苗床土可与2kg微生物菌剂混匀后进行播种育苗，也可每亩用微生物菌剂2kg与农家肥或化肥（需确保对微生物菌无害）混合后作底肥或追肥；西瓜、番茄、辣椒等需育苗移栽的蔬菜，可用复合微生物肥料穴施，每亩施入lOOkg，深度10～15cm，也可与有机肥、无害化肥配施，施用时避免与植株直接接触，在苗期、花期、果实膨大期还应适当进行追施氮肥和钾肥；芹菜、小白菜等叶菜类，可将复合微生物肥料与种子一起撒播，施后及时浇水。
随着社会对环境保护的日益重视，随着现代生态农业、绿色农业、有机农业的蓬勃发展，微生物肥料在农业生产中将越来越被广泛应用，发挥出其应有的经济效益和生态效益。
一、使用微生物肥料的益处
（一）提高土壤肥力和化肥利用率
微生物肥料施入土壤后，将土壤中难溶的无机物变成可溶性的无机物，起到解磷、解钾、固氮作用，增加土壤中的有效N、P、K含量，并可解析土壤中的10多种中、微量元素，将作物不能从土壤中直接利用的物质转化成可被吸收利用的物质，制造和协助农作物吸收营养，改善作物营养条件，提高化肥利用率，减少化肥的用量，降低成本。土壤中大量微生物的活动使土壤有机质转化形成腐殖质，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤肥力，改善土壤理化性状，增强土壤蓄肥、保水能力，从而提高作物的产量，改善农产品品质，如蛋白质、糖、维生素等含量的提高。
（二）刺激和调节作物生长
许多微生物肥料中的微生物可产生对植物有益的代谢产物，如生长素、细胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素、多种维生素、氨基酸等等，能够刺激和调控作物代谢，使植物生长健壮，营养状况得到改善，进而达到增产的效果。如生物发酵的氨基酸叶面肥，能刺激作物生长发育，促进酶的活力，增强抗病抗逆作用，对生根、促长、保花、保果等生理过程都有一定作用。所以，我们在选择氨基酸做叶面肥时，首先尽量采用生物发酵的氨基酸，这更加有利于提高产品质量和使用效果。
（三）增强植物抗病虫和抗旱能力
多种微生物可以诱导植物产生具有防御效应的过氧化物，利于防病抗病，如产生抗菌素类物质；有的微生物则是在根系形成了优势种群，限制了其他病原微生物的生长繁殖机会；有的微生物对病原微生物还具有拮抗作用，降低了作物病虫害的发生。此外，菌根真菌可增加作物根系水分吸收，有利于提高植物的抗旱能力。
（四）生产绿色农产品的理想肥料
微生物肥料具有保护和促进农作物生长，不造成农作物产生和积累有害物质，且显著减少作物体内硝酸盐及重金属含量，改善农产品品质等作用。由于微生物肥料能缓和或减少农产品污染，符合生产安全、无公害绿色农产品的肥料原则要求，已被中国绿色食品发展中心列入发展生态农业、生产绿色食品允许使用的肥料，因此可成为生产绿色食品的主导肥料。
（五）保护农业生态环境
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料，不但起到资源再利用、节约能源，减少环境污染作用，还可减少化肥和农药的使用量，降低环境污染生产成本。另外，微生物肥料，能分解土壤中长期施用化肥、农药的残留，溶解污水灌溉后的重金属残毒，起到净化土壤，保护农田生态环境的作用。
二、正确选用微生物肥料
目前，虽然微生物肥料种类很多，但使用不是很普及，而且供应市场比较混乱，伪劣产品较多，农业生产者在购买、贮藏及使用时易出现盲目性。
1.一定要选用质量有保证的产品，即产品是经国家农业部指定单位检验登记并取得了生产许可证。选购时要注意此产品是否有严格的检测登记程序以及是否有农业部颁发的生产许可证。否则，质量质量有可能出低下、杂菌含量高或过期等问题。
2.注意在产品有效期内选用。产品中有效微生物数量是随保存时间、保存条件的变化逐步减少的，若数量过少则会失效。因此，虽然一般微生物肥料标明有效期为l～2年，但最好选用当年产品。坚决放弃霉变或超过保存期的产品。
3.应严格按规定存放产品。微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，因此，必须按产品说明书进行科学保存，避免阳光直晒，防止紫外线杀死微生物，贮存环境温度应以15～28℃最佳。
4.禁止与某些化肥、杀菌剂或种衣剂混合使用，作物的整个生育期内也应避免使用土壤杀菌剂。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
5.通過合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气、湿润状况，保证土壤中能源物质和营养供应足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。
6.各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。如：根瘤菌肥，适宜于中性微碱性土壤，多用于拌种。每亩用量15～25g，加适量水混匀后拌种。拌种时及拌种后要防止阳光直射，播后立即覆土。剩余种子放在20～25℃背光地方保存。若用农药消毒种子，要在拌种前2～3周拌药。固氮菌肥特别适合叶菜类，作基肥应与有机肥配施，施后立即覆土；作追肥时用水调成稀泥浆状，立即覆土；作种肥时加适量水混匀后与种子混拌，稍后即可播种。“5406”抗生菌肥，浸种或拌种每亩用量500g；还可用菌肥7.5kg加入棉籽饼粉2.5～5kg，碎土500～1000kg，过磷酸钙5kg，拌匀后覆盖在种子上。施用时必须配施有机肥料和化学肥料，忌与硫铵、硝铵混用，但可交叉施用。磷细菌肥，拌种时随用随拌，不能和农药及生理酸性肥料混用。拌种量为1kg种子加菌肥0.5g和4g水。基肥用量每亩1.5～5kg，施后覆土。追肥宜在作物开花前施用。钾细菌肥，作基肥与有机肥混施，每亩用量10～20kg，施后覆土。拌种时加适量水制成悬液喷在种子上拌匀。蘸根时1kg菌肥加清水5kg，蘸后立即栽植，避免阳光直射。
7.对于不同蔬菜种类具体可采用不同使用方法。如茄果类、瓜菜类、甘蓝类等蔬菜，每亩所用育苗床土可与2kg微生物菌剂混匀后进行播种育苗，也可每亩用微生物菌剂2kg与农家肥或化肥（需确保对微生物菌无害）混合后作底肥或追肥；西瓜、番茄、辣椒等需育苗移栽的蔬菜，可用复合微生物肥料穴施，每亩施入lOOkg，深度10～15cm，也可与有机肥、无害化肥配施，施用时避免与植株直接接触，在苗期、花期、果实膨大期还应适当进行追施氮肥和钾肥；芹菜、小白菜等叶菜类，可将复合微生物肥料与种子一起撒播，施后及时浇水。
随着社会对环境保护的日益重视，随着现代生态农业、绿色农业、有机农业的蓬勃发展，微生物肥料在农业生产中将越来越被广泛应用，发挥出其应有的经济效益和生态效益。