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目的
了解人类博卡病毒2(HBoV2)基因突变对重要功能蛋白三级结够及其进化关系的影响。
方法对瑞安地区205份小儿腹泻患者粪便标本进行HBoV2基因筛选。选取阳性样本,采用巢式PCR方法对HBoV2全基因组扩增。通过Swiss-PdbViewer对预测蛋白结构进行分析,并采用MEGA5.1软件进行进化树分析。
结果瑞安地区HBoV2阳性检出率为5.36%(11/205)。HBoV2全基因组经过拼接后为5196 bases,与参考基因组同源性达到99.79%。其中,NP1基因未发生突变,NS1、VP1和VP2基因存在有义突变。NS1测序组和对照组蛋白表面突变氨基酸疏水性质发生变化;VP1测序组和对照组蛋白空间结构和分子内部氢键分布发生变化。系统进化树分析显示,HBoV2中NS1突变造成亲缘关系变化,突变后NS1有向HBoV4演化趋势。
结论研究证明瑞安地区小儿腹泻患者存在HBoV2感染,且阳性样本中HBoV2基因发生突变。有义突变造成重要蛋白空间结构和亲缘关系变化。这些结果对研究HBoV2病毒突变后的进化方向奠定基础。