【摘 要】
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本研究通过对黑米(豫南黑籼糯)和紫叶白米(IR1552) Ra基因的测序,共找到了3个序列多态性位点.黑米的第10外显子存在2bp缺失,紫叶白米的第2外显子(5'-UTR区)存在8bp缺失,紫叶
【机 构】
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中国水稻研究所,杭州,310006;浙江大学农业与生物技术学院,杭州,310029;浙江省微生物研究所,杭州,310000
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本研究通过对黑米(豫南黑籼糯)和紫叶白米(IR1552) Ra基因的测序,共找到了3个序列多态性位点.黑米的第10外显子存在2bp缺失,紫叶白米的第2外显子(5'-UTR区)存在8bp缺失,紫叶白米的第6内含子存在30bp缺失.根据这3个多态性位点,分别设计了3对共显性分子标记RaMarker1、RaMarker2和RaMarker3.将它们分别应用于黑米和白米重组自交系的筛选和验证,发现黑米的Ra基因型表现为Ra/Ra,白米的基因型表现为ra/ra,褐米的基因型表现为Ra/Ra或ra/ra.再加上该基因和黑米色素调控基因紧密连锁,因此这3个分子标记是黑色种皮的可靠标记,可进一步用于分子标记辅助育种的实践中.通过对Ra表达情况分析,发现该基因的2bp缺失仅存在于黑米和褐米的cDNA中.通过实时定量PCR研究,发现该基因在黑米和褐米中存在一定的时空表达差异性.
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