【摘 要】
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目的 研究p53基因沉默前后HaCaT细胞microRNA (miRNA)的差异表达谱并进行相关功能分析.方法 利用慢病毒介导的RNAi对培养的HaCaT细胞株进行p53基因沉默,通过Trizol法抽提细胞总RNA,PEG(聚乙二醇)方法分离miRNA,T4RNA连接酶荧光标记后进行miRNA芯片杂交,利用Genepix4000B图像分析软件和Genepix Pro 6.0软件进行数据分析,生物信
【机 构】
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310053杭州,浙江中医药大学附属杭州市第三人民医院皮肤科,杭州市第三人民医院皮肤科,杭州市第三人民医院皮肤科,安徽医科大学杭州临床医学院,310053杭州,浙江中医药大学附属杭州市第三人民医院皮肤
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目的 研究p53基因沉默前后HaCaT细胞microRNA (miRNA)的差异表达谱并进行相关功能分析.方法 利用慢病毒介导的RNAi对培养的HaCaT细胞株进行p53基因沉默,通过Trizol法抽提细胞总RNA,PEG(聚乙二醇)方法分离miRNA,T4RNA连接酶荧光标记后进行miRNA芯片杂交,利用Genepix4000B图像分析软件和Genepix Pro 6.0软件进行数据分析,生物信息学方法检索出p53基因沉默前后HaCaT细胞差异表达的miRNA调控的靶基因,选取每个miRNA调控的前20个靶基因进行靶基因功能及KEGG分析.结果 p53基因沉默前后HaCaT细胞中发现53个差异表达的miRNA,其中41个表达上调,12个下调(差异＞2倍).上调超过200倍的miRNA有:hsa-miR-141-3p、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-27a-3p、hsa-miR-130b-3p、hsa-miR-19a-3p;下调超过75％的miRNA有:hiv1-miR-TAR-3p、hsa-miR-630、hsa-miR-1246、hsa-miR-1275.靶基因预测和靶基因KEGG分析结果显示,部分靶基因与MAPK信号通路、代谢通路、肿瘤侵袭等有关.结论 hsa-miR-141-3p等9个miRNA及其调控的靶基因可能参与p53的分子调控。
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