茭白是禾本科植物菰(Zizania latifolia)受到菰黑粉菌(Ustilago esculenta)入侵后形成的膨大可食用肉质茎,选取适用于实时荧光定量PCR分析的内参基因,对于研究菰黑粉菌与菰互作过程中的基因表达变化十分重要.本研究选择8个候选基因,利用qRT-PCR方法检测候选基因在菰黑粉菌侵染的5个不同时间点、体外培养的5个生活阶段、3种不同的碳源培养基和4个温度条件培养下的表达量,使用3个软件geNorm、NormFinder和BestKeeper对候选基因的表达稳定性进行分析,筛选适宜菰黑粉菌在不同生活阶段和不同生活环境下基因表达水平分析的内参基因,并用菰黑粉菌内切葡聚糖酶1(U.esculenta endoglucanase 1,UeEgl1)作为测试基因进行验证.结果表明,3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)和α微管蛋白基因(α-tubulin)在所有条件样品中的表达均较稳定,是适宜菰黑粉菌基因表达分析的内参基因.本研究结果可为菰黑粉菌中基因差异表达分析提供有效的校正工具,确保基因表达结果的准确性和可靠性,为进一步分析菰黑粉菌与菰互作过程中相关基因的功能提供参考依据.