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众多掌握生物医药核心技术的专家、学者、留学人员走出原来的圈子，开始了自己艰难的创业旅程，如何助推这个过程，使我国的生物医药产业在世界占据一席之地，就成了目前需要解决的主要问题。
三位—体的综合支持
从行业特点看，生物医药行业是世界各国管制最为严厉的行业，从产品研制一直到产品上市后的监测，面临着各种复杂的规范控制，对于熟悉了技术开发的创业团队来讲。不可能满足这种严格的符合性审查的需要，由此需要专业的中介服务协助完成这一任务。
从资金层面看，根据国家风险投资协会的数据，2006年平均每个天使投资的额度略超过50万美元，而风险投资最低额度普遍在500～700万美元。生物医药创新创业企业在实现了启动资金和天使基金的无缝链接后，在与风险投资对接的过程中，将面临200～500万美元的资金短缺，成为难以跨越的鸿沟，由此造成目前中小创新企业进行创新品种研发过程的停滞，甚至出现由于现金流断档造成的企业关闭。
从创新的过程看，国际经验表明集聚化发展是生物产业发展的最显著特征，并且集聚能大大加速生物产业的发展。对从事研发，特别是新药前期研发的人员来讲，在思想碰撞中产生灵感颇为重要。集成创新理论认为，通过政府引导和市场机制的共同作用，使创新要素在某个特定区域内集中。并通过创新条件平台建设和创新环境营造，促进创新要素的融合，进而促进创新组织之间的交流与合作，将大大提高创新活动的整体效能。
鉴于生物医药创业这一系统工程的高度复杂性，这就需要有一个综合性的机构，在这个过程中发挥主导作用，统一调配政策、中介、资金各方面的力量，合力推进生物医药领域重大创新产品和服务的实现。这也为在困境中挣扎的生物医药专业孵化器的发展指出了一个创新发展的方向。
创新型国家战略的提出对于困境中的高新区来讲，即是机遇、又是挑战，谁首先突破，谁将获得下一个20年的发展主导
具有中国特色的难题
历史上我国的创新产业链主要是成果转化问题，但是对于新世纪的生物医药创新来讲则是一个复杂的过程，需要从基础研究、应用性开发、商业开发、产业化这4个阶段逐渐进化，各个环节缺一不可，并且从资金投入看，各个阶段经费投入基本是按10倍增长的。
创新链条第一阶段由自然科学基金、863、973课题经费等国家经费支持的研究院所、大学等公立机构完成，由于条块的分割，造成了基础研究分散、单一等特点，急需整合国家的基础研究：
创新链条第三阶段的商业开发由一些服务情机构、新创小企业完成，由此形成了目前所谓的创新来自小公司等假象，造成在创新链条建设过程中对小企业的高度重视：
创新链条第四阶段的产业化和市场化由大型企业来完成；
创新链条第二个阶段是一道鸿沟。由于开发风险大、投入高、周期长，商业化的资金从规避风险的角度出发很少进入，即使是一些所谓的风险投资、创业投资等也很少眷顾，因此还没有形成一定的定式。创新体系链条在应用研究出现了断档。大量的“原材料”式的基础研究因为缺乏投入而没有跨越应用开发阶段就断链，这也就形成了目前所谓的国家基金支持的基础研究效率低下(生物医药领域863、973项目转化率不到5％)的主要原因，形成了我国科技成果转化率低下的关键技术成因，也形成了制约我国创新型经济发展的关键瓶颈。
因此，就国内生物医药创新创业的完整链条建设来看，目前亟需有这样的机制：可以在产业视角下指导基础研究人员的应用性研究、构建完成应用性研究的平台、筹集完成应用性研究的资金，利用技术手段完成产业化过程中风险的逐步释放，在筛选和逐步推进中最终实现基础研究与产业资金、风险投资的对接，最终完成基础研究的产业化，从技术层面上解决目前基础研究转化率低下的问题。
构建新的载体
在以企业为主体的创新型经济建设过程中，高新区、孵化器等发挥了重要的载体作用，它们从营造一个有利于创新企业发展的优化环境出发，在政策、资本、市场、人才、中介、平台等等各个方为创新企业的成果转化起到了不可替代的作用，由此带来的是，新办创新型企业的成活率已经提高到了80％以上，科技成果的转化率也由全国的平均25～30％提高到了70％以上，为国家创新体系的建设做出了重要的贡献。
但是在新的形势下，其建设基础和运行理论遇到了新的挑战，都需要根据新的形式从基本理论方面进行突破，以承担起建设创新型国家的历史使命。
首先，高新区职能逐渐弱化。一方面是由于全国对高新区、高新技术企业政策逐渐统一所造成的高新区之间的竞争更加激烈，另一方面是我国经济的发展、劳动力成本逐步提高受到了新的发展中国家的有力挑战。这些问题汇集到一起，就是高新区发展的平台已经形成，下一个发展需要通过战略调整，突破这一平台进入下一个高速发展期。创新型国家战略的提出对于困境中的高新区来讲，即是机遇、又是挑战，谁首先突破，谁将获得下一个20年的发展主导。
其次，孵化器快速发展中泡沫初现。目前的孵化器在宏观运营方面看，引进创新企业是重点，建设服务体系是手段，将能够自我发展的创新创业企业集中到了一个空间内，由此带来的企业集聚就成了孵化器业绩的表述，如孵化企业数量、毕业企业数量、增加就业数量等等指标。在这种背景下。中国的科技企业孵化器之间开始出现了相互竞争，竞相在房租、政策资金、服务、税收等方面提供更优惠的条件挖走对方的企业，以争取更多的拥有技术先进且市场前景看好的企业入住。另一方面，企业化运营、商业化运作又是孵化器的一个发展趋势，在孵化器自身生存压力下，孵化器功能开始扭曲，企业的付费能力、孵化器可收费项目增加的潜力等成了一些企业化运营的孵化器评价入园企业的主要指标，企业的税收、就业、经济发展对区域的贡献等成为一些已经变为开发区附庸的孵化器考核入园企业的重点指标：再加上孵化器人才队伍的提高、资金的限制、政策补贴的减少等各个方面压力的增加，孵化器的市场化并没有走出多远就已经陷入困境。
随着国家经济发展，区域经济的发展已经由外源性驱动转到内源性驱动的阶段，因此，研究我国创新链条中的问题，分析市场化资金的运行特点，弥补断链，续接基础研究和商业开发，正是政府主导的高新区和孵化器的用武之地。
对于生物医药专业孵化器建设，由于其所面临的生物医药创新创业的特殊情况，对于生物医药的创新产业链建设就需要有全新的机制。这种机制要能使专业孵化器由置身其外的服务转变为置身其内的补位，要完成政府、中介服务、投资机构等多方面的功能，这种机制要整合基础研究的各方面资源，承担起市场化的机构和资金所不愿承担的应用性开发的职责，通过这种介入式的支撑，形成一个个创新型企业，出现一个个重大创新产品。
三位—体的综合支持
从行业特点看，生物医药行业是世界各国管制最为严厉的行业，从产品研制一直到产品上市后的监测，面临着各种复杂的规范控制，对于熟悉了技术开发的创业团队来讲。不可能满足这种严格的符合性审查的需要，由此需要专业的中介服务协助完成这一任务。
从资金层面看，根据国家风险投资协会的数据，2006年平均每个天使投资的额度略超过50万美元，而风险投资最低额度普遍在500～700万美元。生物医药创新创业企业在实现了启动资金和天使基金的无缝链接后，在与风险投资对接的过程中，将面临200～500万美元的资金短缺，成为难以跨越的鸿沟，由此造成目前中小创新企业进行创新品种研发过程的停滞，甚至出现由于现金流断档造成的企业关闭。
从创新的过程看，国际经验表明集聚化发展是生物产业发展的最显著特征，并且集聚能大大加速生物产业的发展。对从事研发，特别是新药前期研发的人员来讲，在思想碰撞中产生灵感颇为重要。集成创新理论认为，通过政府引导和市场机制的共同作用，使创新要素在某个特定区域内集中。并通过创新条件平台建设和创新环境营造，促进创新要素的融合，进而促进创新组织之间的交流与合作，将大大提高创新活动的整体效能。
鉴于生物医药创业这一系统工程的高度复杂性，这就需要有一个综合性的机构，在这个过程中发挥主导作用，统一调配政策、中介、资金各方面的力量，合力推进生物医药领域重大创新产品和服务的实现。这也为在困境中挣扎的生物医药专业孵化器的发展指出了一个创新发展的方向。
创新型国家战略的提出对于困境中的高新区来讲，即是机遇、又是挑战，谁首先突破，谁将获得下一个20年的发展主导
具有中国特色的难题
历史上我国的创新产业链主要是成果转化问题，但是对于新世纪的生物医药创新来讲则是一个复杂的过程，需要从基础研究、应用性开发、商业开发、产业化这4个阶段逐渐进化，各个环节缺一不可，并且从资金投入看，各个阶段经费投入基本是按10倍增长的。
创新链条第一阶段由自然科学基金、863、973课题经费等国家经费支持的研究院所、大学等公立机构完成，由于条块的分割，造成了基础研究分散、单一等特点，急需整合国家的基础研究：
创新链条第三阶段的商业开发由一些服务情机构、新创小企业完成，由此形成了目前所谓的创新来自小公司等假象，造成在创新链条建设过程中对小企业的高度重视：
创新链条第四阶段的产业化和市场化由大型企业来完成；
创新链条第二个阶段是一道鸿沟。由于开发风险大、投入高、周期长，商业化的资金从规避风险的角度出发很少进入，即使是一些所谓的风险投资、创业投资等也很少眷顾，因此还没有形成一定的定式。创新体系链条在应用研究出现了断档。大量的“原材料”式的基础研究因为缺乏投入而没有跨越应用开发阶段就断链，这也就形成了目前所谓的国家基金支持的基础研究效率低下(生物医药领域863、973项目转化率不到5％)的主要原因，形成了我国科技成果转化率低下的关键技术成因，也形成了制约我国创新型经济发展的关键瓶颈。
因此，就国内生物医药创新创业的完整链条建设来看，目前亟需有这样的机制：可以在产业视角下指导基础研究人员的应用性研究、构建完成应用性研究的平台、筹集完成应用性研究的资金，利用技术手段完成产业化过程中风险的逐步释放，在筛选和逐步推进中最终实现基础研究与产业资金、风险投资的对接，最终完成基础研究的产业化，从技术层面上解决目前基础研究转化率低下的问题。
构建新的载体
在以企业为主体的创新型经济建设过程中，高新区、孵化器等发挥了重要的载体作用，它们从营造一个有利于创新企业发展的优化环境出发，在政策、资本、市场、人才、中介、平台等等各个方为创新企业的成果转化起到了不可替代的作用，由此带来的是，新办创新型企业的成活率已经提高到了80％以上，科技成果的转化率也由全国的平均25～30％提高到了70％以上，为国家创新体系的建设做出了重要的贡献。
但是在新的形势下，其建设基础和运行理论遇到了新的挑战，都需要根据新的形式从基本理论方面进行突破，以承担起建设创新型国家的历史使命。
首先，高新区职能逐渐弱化。一方面是由于全国对高新区、高新技术企业政策逐渐统一所造成的高新区之间的竞争更加激烈，另一方面是我国经济的发展、劳动力成本逐步提高受到了新的发展中国家的有力挑战。这些问题汇集到一起，就是高新区发展的平台已经形成，下一个发展需要通过战略调整，突破这一平台进入下一个高速发展期。创新型国家战略的提出对于困境中的高新区来讲，即是机遇、又是挑战，谁首先突破，谁将获得下一个20年的发展主导。
其次，孵化器快速发展中泡沫初现。目前的孵化器在宏观运营方面看，引进创新企业是重点，建设服务体系是手段，将能够自我发展的创新创业企业集中到了一个空间内，由此带来的企业集聚就成了孵化器业绩的表述，如孵化企业数量、毕业企业数量、增加就业数量等等指标。在这种背景下。中国的科技企业孵化器之间开始出现了相互竞争，竞相在房租、政策资金、服务、税收等方面提供更优惠的条件挖走对方的企业，以争取更多的拥有技术先进且市场前景看好的企业入住。另一方面，企业化运营、商业化运作又是孵化器的一个发展趋势，在孵化器自身生存压力下，孵化器功能开始扭曲，企业的付费能力、孵化器可收费项目增加的潜力等成了一些企业化运营的孵化器评价入园企业的主要指标，企业的税收、就业、经济发展对区域的贡献等成为一些已经变为开发区附庸的孵化器考核入园企业的重点指标：再加上孵化器人才队伍的提高、资金的限制、政策补贴的减少等各个方面压力的增加，孵化器的市场化并没有走出多远就已经陷入困境。
随着国家经济发展，区域经济的发展已经由外源性驱动转到内源性驱动的阶段，因此，研究我国创新链条中的问题，分析市场化资金的运行特点，弥补断链，续接基础研究和商业开发，正是政府主导的高新区和孵化器的用武之地。
对于生物医药专业孵化器建设，由于其所面临的生物医药创新创业的特殊情况，对于生物医药的创新产业链建设就需要有全新的机制。这种机制要能使专业孵化器由置身其外的服务转变为置身其内的补位，要完成政府、中介服务、投资机构等多方面的功能，这种机制要整合基础研究的各方面资源，承担起市场化的机构和资金所不愿承担的应用性开发的职责，通过这种介入式的支撑，形成一个个创新型企业，出现一个个重大创新产品。