高技术企业创新生态系统可持续发展机制由自组织机制、遗传机制、变异机制、选择机制共同组成,这些机制相互影响,共同作用,形成整体功能效应。结合高技术企业创新生态系统的特点以及可持续发展的运行机制,构建高技术企业创新生态系统可持续发展评价指标体系,运用因子分析和Topsis综合评价法,对我国29个省、自治区、直辖市的高技术企业可持续发展情况进行评价研究发现:我国各省份高技术企业创新生态系统可持续发展水平参差不齐,位居前列的城市,科研基础雄厚,科研成果产出值增长速度较快,具较强的可持续发展优势;高技术产业发展水平较高的地区,企业创新生态系统的可持续发展可能面临瓶颈。为了促进高技术企业的可持续发展,必须更新观念,鼓励自主创新,保证资源供给,推进系统产业结构升级及完善配套政策等。