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传统的真菌分类依据其形态学特征、生理生化特性等，用于临床或研究时敏感性不高，费时费力，对操作者有较高的专业要求，而且由于真菌菌种种类繁多、分布广泛、形态特征复杂，常引起分类系统不稳定或意见分歧。分子生物学技术的兴起为真菌鉴别开辟了新的途径。近几年来，建立在分子生物学传统的方法如DNA系列分析、聚合酶链反应、核酸杂交、基因指纹等基础上，产生了多种在基因水平上对医学真菌进行分类鉴定的新技术，进一步提高了灵敏性和特异性，并且方法简单、快速。