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分析了小球藻叶绿素a的荧光激发特性,利用图像处理技术,提出了基于藻类荧光激发效应的小球藻自动计数方法。利用450 nm荧光作为激发光源,得到波长为660～690 nm的小球藻荧光显微图像;利用红色滤光片去除其它入射光的影响,使图像中只包含小球藻荧光特性。调节光源强度,增加目标与背景之间的对比度;通过灰度变换,得到256级灰度图像,分析图像灰度特征,确定最佳图像分割阈值。实验证明此方法能够很好的区分藻类和杂质,计算速度快,为藻类自动计数提供了一种新的方法。