中国高技术制造业区域间创新水平存在差距,且可分解为5大高技术行业。传统研究关注区域间效率差异,并未考虑区域间技术异质性和区域内行业并联等特征,整体提升产业创新效率有赖于区域技术差距缩小和各行业效率同步提升。基于此,探讨异质性技术视角下中国高技术制造业创新效率及其影响机制。考虑东、中、西部地区企业技术异质性,利用共同前沿理论,在共同前沿和群组前沿下构建并联网络DEA模型,测算分析2007年至2015年中国高技术制造业创新效率和区域间技术差距,并对无效率值进行生产技术差距无效和管理无效分解以及行业无效率分解。从企业管理和创新环境方面,对整体和分行业效率的影响因素进行实证分析。研究结果表明,中国高技术制造业创新效率偏低,东、中、西部地区效率依次递减,医疗设备制造业效率最高,航空航天器制造业效率最低。东部与中、西部间的技术差距徘徊于0.300,东部省份为高管理无效低技术差距无效型,中、西部省份主要是低管理无效高技术差距无效型。通过行业无效率分解发现,全国因电子及通信设备、航空航天器和医药制造业无效造成的损失较大。企业规模、创新氛围、政府支持对整体效率具有明显提升作用,政府支持对创新效率的促进效应随企业规模的增大而减小,各因素对分行业效率影响存在差异。研究发现区域间技术差距明显,各行业效率损失存在差异,丰富了高技术制造业创新效率理论和实证研究成果;深化了对高技术制造业创新无效率值分解的理论认识,为寻找效率提升路径提供了理论基础和新的视角;识别了整体和分行业创新效率的显著影响因素,为中国高技术制造业区域发展战略布局以及制定行业差异化创新政策提供经验证据。