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近年来,随着国家对高校科研事业投入的不断增加,科研经费在使用过程中存在的问题也日益凸显,无法满足日益严格的科研经费监管要求。目前高校科研经费管理中存在着项目管理与财务管理相脱节、项目结题不结账等现象,财务管理中也存在着支出控制不严格、成本核算不准确、间接费用无法得到有效补偿、资产管理不规范等问题。为提高科研经费使用的效率和效果,本文从营造良好的内部控制环境、加强制度建设、实施全成本核算、强化人员培训等方面提出了一些建议。