目的:分析不同干预下去卵巢大鼠骨髓间充质干细胞(bone marrow-derived mesenchymal stem cells,BMSCs)多时相差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)及其参与的功能和通路,全面比较左归丸与雌二醇防治绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)基因调控机理之异同。方法:72只大鼠随机均分为假手术组、模型组、雌二醇组和左归丸组。术后两周,雌二醇组和左归丸组分别灌胃给药至术后第4、8和12周末。无菌分离、培养各组BMSCs。表达谱芯片技术检测F2代BMSCs全基因组表达。以SPSS 18.0软件筛选DEGs(阈值:P<0.0.05,差异倍数>2或<0.5),并通过DAVID进行功能与通路富集(阈值:P<0.05)。结果:4周左归丸-模型对比组的DEGs多达99个。左归丸-模型组的DEGs显著富集在细胞增殖、骨架形成、激素刺激、细胞黏附、钙平衡、信号通路、轴突等功能,而左归丸和雌二醇在转运蛋白-细胞膜、细胞增殖、激素刺激等功能调控上存在差异。结论:左归丸可能通过广泛调控BMSCs基因(如Cenpn、Clec4f、Plac1及Ccdc88a)的表达,影响多种功能与通路,最终减少骨量丢失。