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利用吸光值、琼脂糖电泳及PCR差异扩增等指标，对酚一氯仿法、水煮法、碱裂解法3种方法制备的鳗鲡病原菌DNA模板进行了差异分析．结果表明：1）不同方法提取的病原菌模板DNA的浓度、纯度及分子质量大小存在差异，但以这3种方法提取的病原菌DNA为模板，均能成功扩增到细菌16SrD．NA和外膜蛋白的保守序列．其中，酚一氯仿提取的模板DNA浓度较低、纯度较高；水煮法和碱裂解法提取的模板DNA浓度较高、纯度较低．2）电泳显示，3种方法获得的模板DNA扩增出的16SrDNA保守序列条带均一，没有显著差异，但在外膜蛋白保守序列的扩增中却因菌种和模板提取方法的不同而存在差异．