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基本医疗保险基金经办机构与公立医院之间的关系,实质上是医疗服务需求方和供给方的关系。消费者主权理论、管理型竞争理论、花钱矩阵理论,可以为理顺基本医疗保险基金经办机构与公立医院之间的应然关系提供理论依据。公立医院彻底地去行政化和赋予其独立的市场主体地位、基本医疗保险基金经办机构与公立医院就其提供的基本医疗服务进行谈判购买、基本医疗保险基金支付方式走向按绩效付费、公立医院与公立医院以及与其他非公立医疗机构之间开展市场竞争、强化医药分家后对医疗行为的行业监管、基本医疗保险基金经办机构在药品招标采购中居于主导地位、加强区域医疗资源规划、优化基本医疗保险基金经办机构管理应该成为公立医院未来改革努力的方向。