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基于市场失灵理论,运用负二项回归分析方法,利用1999—2010年我国30个省市高校知识创新产出的相关数据,实证分析了政府支持与高校知识创新产出之间的关系。结果表明:中央和地方政府直接资金支持与高校论文产出、专利授权产出均存在倒U型关系;地方政府间接资金支持与高校论文产出、专利授权产出均存在倒U型关系;政府的直接资金与间接资金支持对高校论文产出具有交互作用,但对专利授权产出没有交互作用。并基于上述实证研究提出了相关的政策建议。