【目的】研究持续性常压低氧对大鼠肠道微生物的影响，并分析其与低氧性心肌肥厚的关联性。【方法】雌性SPF级SD大鼠，按随机数字表法分为两组：常氧组和低氧组。实验开始后，低氧组大鼠置于低氧舱中，氧气浓度设定为10%，持续暴露30 d，常氧组大鼠正常条件饲养。每天记录大鼠体重，并于低氧前（0 d）和低氧后（30 d）分别收集粪便进行16S rRNA基因扩增子测序，测定肠道微生物组的变化。实验结束后进行血常规、血生化和器官指数分析；采用RT-PCR检测右心室组织中4种分子标志物ANP、BNP、Myh6、Myh7的mRNA表达；并在肠道微生物组和各类指标之间进行Spearman关联分析。【结果】低氧大鼠体重降低，红细胞数量、红细胞比容、血红蛋白浓度均明显升高。低氧大鼠右心指数显著升高，血清肌酸激酶（CK）和乳酸脱氢酶（LDH）活性增高，右心室BNP和Myh7的基因表达显著升高而Myh6的表达降低，表明低氧导致大鼠心肌损伤并发生了右心室病理性肥厚。低氧改变了大鼠肠道微生物的α多样性和β多样性；LEfSe分析结果提示常氧组大鼠的Prevotellaceae和Lachnospiraceae相对丰度较高；而低氧组大鼠的Lactobacilliaceae和Lactobacillus相对丰度较高。LDH与Monoglobus和Papillibacter正相关，与Defluviitaleaceae＿UCG-011负相关；CK与RF39正相关；Myh6的表达量与Prevotellaceae＿NK3B31＿group和Helicobacter正相关；BNP的表达量与Ruminococcaceae＿UCG＿009 正相关。【结论】持续性低氧显著改变了大鼠肠道微生物的丰富度、均匀度和菌群结构；该变化与心肌损伤指标之间存在显著相关性，表明肠道菌群可能在低氧性心肌肥厚中发挥重要作用。