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棉花苗期病害的种类较多，已发现有20余种，常导致烂种、烂芽、烂根、叶枯，严重时造成缺苗断垄，不能一播全苗，甚至要翻种，影响早发。苗病按照其发病部位可分为两大类，一类是根病，主要包括立枯病、炭疽病、红腐病等，常造成烂种、烂芽、根茎腐烂，造成整株、成片死茁；另一类是叶病类，主要包括黑斑病、角斑病等，危害叶片，使叶片枯焦，影响幼苗早发。由于棉苗病害种类多，往往混合发生，因此对棉花苗期病害防治应采取以农业防治为主，棉种处理与及时喷药防治为辅的综合防治措施。