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基于代谢组学的概念和常用分析技术,总结了代谢组学与中医阴阳五行、藏象、经络学说、病因病机及防治原则的关系,论述了代谢组学在中医药中的应用并提出几点思考。认为整体性思路的代谢组学技术与中医基础理论研究相结合会使传统医学的研究更加标准化、规范化及透明化,并有望在中医循证医学方面探索出新的思路与方法,进而加快中医药现代化的进程。