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提出一种长码导航信号相关损失算法，用于导航卫星长码信号相关损失的精确计算。首先对导航信号的射频信号进行高速采样，短随机码在数字域完成信号的载波频率和码相位捕获，然后根据捕获结果截取采样数据，进行短码信号载波相位的精密同步，估计长码信号的载波相位，再对截取数据数字变频和低通滤波，对滤波后的基带信号进行抽取判决，产生一段长伪随机码，最后用再生的一段长伪随机码与理论信号和实际信号进行相关处理，由两个相关峰值计算长码信号的相关损失。此外，仿真验证了再生长码片段方法的正确性，解决了长码相关损失评估的难题。