本试验旨在研究环湖牦牛瘤胃微生物区系特征及性别之间的差异。随机挑选4～5岁环湖牦牛健康公牛5头[平均体重为（228. 0±19. 4） kg]和母牛5头[平均体重为（198. 0±8.4） kg],采用16S rDNA扩增子高通量测序的方法研究公、母牦牛瘤胃微生物区系特征和性别之间的差异。结果表明:2个性别间瘤胃微生物在门水平上组成相似,其中拟杆菌门（Bacteroidetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）和厚壁菌门（Firmicutes）是优势菌门,样品中平均相对丰度分别为51.74%、15.00%和14.34%。在属水平上,普氏菌属₁（Prevotella₁）、理研菌科RC9肠道群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）和普雷沃氏菌科_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）是优势菌属,平均相对丰度分别为16.11%、7.74%和3.43%。Alpha多样性指数中,公牛的Sobs指数为2 689,极显著高于母牛（P <0.01）,其余指数无显著性别差异（P> 0. 05）。主坐标分析（PCoA）和相似性分析（Anosim）结果说明2个性别之间瘤胃微生物区系存在明显差异。在属水平上,公牦牛Rikenellaceae_RC9_gut_group的相对丰度显著高于母牦牛（P<0.05）,母牦牛Prevotella₁、毛螺菌科AC2044群（Lachnospiraceae_AC2044_group）、Saccharofermentans、Anaerovorax和Elusimicrobium的相对丰度显著高于公牦牛（P<0.05）。瘤胃微生物TAX4FUN预测功能比较发现,公、母牦牛瘤胃微生物功能在糖类代谢、氨基酸代谢、脂肪代谢及疾病相关等功能存在差异。从上述分析来看,性别对牦牛瘤胃微生物区系的组成有显著影响,尤其是在属水平上差异较大。