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利用基于窄叶羽扇豆转录组开发并筛选出的95对多态性EST-SSR标记，对羽扇豆属的22个种133份资源进行全基因组扫描，初步探究羽扇豆属下种间的进化关系，分析来源于旧世界羽扇豆种间的遗传多样性，为羽扇豆优异资源的挖掘和创新利用提供理论依据。结果表明，用95对SSR标记共检测出1318个等位变异，每对标记平均检测出3～37个等位变异，平均为13.87个；多态性信息量(PIC)变化范围0.39～0.91，平均为0.75；基因多样性变化范围0.41～0.92，平均为0.78。基于邻接法(NJ)的系统发育初步探究了羽扇豆种间的进化关系，22个羽扇豆种分别来源于旧世界和新世界，与之前研究结果相对一致。聚类分析、群体结构分析和主成分分析结果均表明，来源于旧世界的7个羽扇豆种被划分为4个组群，各组群所包含的参试资源没有种间交叉重叠。