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通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数（Ne）、多态信息含量（PIG）、杂合度（H）和F统计量。结果表明：8个微卫星座位中HMS2变异最大，HTG6变异最小；蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马；总群体的平均遗传分化系数Fst为0．017（P〈0．01），群体内近交系数Fis为0．171（P〈0．01）。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异，但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。