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以福建白砂林场马尾松实生种子园自由授粉子代为研究对象,从215对微卫星（SSR）引物中筛选出6对多态性比较理想者作为分子标记对种子园进行交配系统分析。结果表明：1）该种子园的异交率较高,多位点异交率2006和2007年分别为1.200（标准差SD=0.000）和1.072（SD=0.066）;年度间异交率相似。2）不同冠层和方位上的异交率大小为：上层〉中层〉下层;东面〈南面=西面=北面,与其花量的调查结果相吻合。3）从坡向来看,种子园西坡与北坡的异交率无显著差异。