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现代高能物理实验中，对时钟系统有着精度和稳定性的要求。高速串行通信技术，因其能够在进行数据传输的同时进行时钟数据恢复而得到广泛应用。针对因此带来的恢复时钟相位不确定性，设计了一种基于串并转换技术和FPGA的时钟同步方法，能够为高能物理实验多节点时钟系统提供精确相位同步的时钟。该方法利用FPGA内部硬件资源对恢复时钟进行处理，串并转换芯片自带的状态位和优秀的串并转换能力极大地简化了系统设计，并增强了系统性能。