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目的 分析宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在儿童重症感染性疾病中的应用价值.方法 对2018年6月至2020年12月温州医科大学附属第二医院收治的29例重症感染患儿的临床资料及实验室检查结果进行分析.29例患儿的29份标本(外周血标本27份,胸水标本2份)进行传统病原体培养,同时送29份同类型标本进行mNGS病原体检测.结果 29例患儿传统病原体培养阳性2例,检出病原体2株,检出率为7％(2/29);而mNGS阳性20例,检出病原体38株,检出率为69％(20/29).mNGS病原体检出率高于传统病原体培养(P0.05).结论 mNGS比传统病原体培养更灵敏且干扰因素少,能够有效检出传统病原体培养阴性病例的病原体,可为儿童重症感染性疾病的病原学诊断提供有力帮助.