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近几十年来，病原菌耐药性的出现和蔓延已上升为严峻的公共卫生问题。越来越多研究表明，抗菌素抗性基因（antibiotic resistance genes，ARGs）不仅仅见于临床所分离的病原体，而是包括所有的致病菌、共生菌以及环境中的细菌，它们都能在可移动遗传元件和噬菌体的作用下，通过水平基因转移（hori-zontal gene transfer。HGT）途径获得耐药性，进而形成抗菌素耐药基因簇（耐药基因组）。HGT可导致抗菌素的耐药性在环境共生菌和病原菌之间传播扩散，这可通过临床上一些重要的抗菌素耐药