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长尾鼠耳蝠在飞行状态下发出的回声定位叫声为短调频型.叫声包括3个谐波,其中第1谐波最强且出现于所有的叫声中,频率起始于110.8 kHz,结束于50.2 kHz,持续3.5 ms.第2,3谐波较弱,分别出现于50.0%和25.0%的叫声中,调频范围为138.4～116.6和193.6～170.8 kHz.根据回声定位叫声的特点,推断长尾鼠耳蝠是在复杂环境中捕食地面昆虫.