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顶复合器门的原生动物(Apicomplexan protozoa)含有一个高度退化的质体样(plastid-like)细胞器,定名为apicoplast.来自apicoplast的clpC基因和它在其他质体和细菌中的同源物用来重建apicoplast的系统发育史.使用邻接法(Neighbor-Joining)、最小进化法(Minimum Evolution)、最大简约法(Maximum Parsimony)和最大似然法(Maximum Likelihood)建立进化树.此外为了避免由于序列之间相似的碱基组