【摘 要】
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多态性分子标记是图位克隆和分子标记技术的基础,为了开发水稻品种间有多态性的分子标记,本研究利用转录组测序技术寻找水稻粳型亚种拉木加和水晶3号两品种间有多态性的InDel
【机 构】
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河南农业大学农学院,郑州,450046
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多态性分子标记是图位克隆和分子标记技术的基础,为了开发水稻品种间有多态性的分子标记,本研究利用转录组测序技术寻找水稻粳型亚种拉木加和水晶3号两品种间有多态性的InDel标记并进行实验验证,以期为水稻品种间分子标记开发提供参考.研究结果发现通过测序原始序列比对参考基因组后对得到的InDel以测序深度大于2(DP＞2)、等位基因频率等于100％ (AF1=1)进行过滤后得到的多态性InDel可信度较高,而通过转录组组装序列比对比较两品种间的InDel假阳性率比较高.利用该方法两个品种转录组数据共发现多态性InDel 279个,随机选取其中24个InDel进行验证,阳性率为91％.本研究利用转录组测序技术开发水稻亚种内品种间InDel标记效率较高,可用于基因图位克隆、品种指纹图谱构建等.
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