探究适宜党参属和金钱豹属药用植物分子鉴定的DNA条形码候选序列。对11个物种53份样品的psbAtrnH、rbcL、matK及ITS 2序列进行PCR扩增、测序和Barcoding gap分析,比较各序列的扩增和测序效率,种内和种间变异,并采用BLAST 1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力。结果显示,PCR扩增率均达100%,测序率除了matK外,其余的均为100%。种间变异ITS 2最大,其余依次是matK、psbA-trnH及rbcL。种内变异matK最大,其余依次是rbcL、ITS 2和psbA-trnH。Barcoding gap图表明,4条序列种内和种间遗传变异重叠比例大,无明显的Barcoding gap。BLAST 1鉴定结果表明,rbcL鉴定率最高,其余依次是matK、ITS 2和psbA-trnH;Nearest Distance显示,rbcL和ITS 2鉴定率最高,达到100%,psbA-trnH最低,为60.3%。rbcL和ITS 2可用于党参属和金钱豹属药用植物及相关药材的分子鉴定条形码,matK可作为候选条形码。