为了客观、公正地反映我国医院一流专科的临床实力，为老百姓治疗疑难杂症指点迷津，复旦大学医院管理研究所从2010年开始每年都会推出《中国最佳医院排行榜》。该研究所的研究人员根据“让最了解情况的专家评选本专科的最佳医院”的原则，从专家库中抽取了27个临床专科的800余名国内著名专家，邀请他们担任评审专家。这些评审专家综合考虑学科建设、临床技术、科室级别、人员配备、医疗质量、日均门诊量、年住院人次、院内病死率、患者满意度等因素，推荐出本专业领域内排名靠前的医院。根据专家推荐的排名，研究人员得出了该专科领域内各医院的平均临床实力分值，并评选出平均临床实力分值靠前的20个医院。为避免评审专家“既当运动员又当裁判员”，复旦大学医院管理研究所的专家们作为第三方，不参与专家评审和投票工作，只进行规则制定和计票等工作。在2011年年末，复旦大学医院管理研究所公布了由全国2000多名著名专家参与评选的《2011年度中国最佳医院排行榜》。该排行榜列出了全国80家最佳医院、20大最佳医院和27个最佳专科，其中全国20大最佳医院是：
　　1.北京协和医院
　　2.四川大学华西医院
　　3.中国人民解放军总医院
　　4.上海交通大学医学院附属瑞金医院
　　5.复旦大学附属华山医院
　　6.第四军医大学西京医院
　　7.北京大学第一医院
　　8.复旦大学附属中山医院
　　9.中山大学附属第一医院
　　10.北京大学人民医院
　　11.华中科技大学同济医学院附属同济医院
　　12.第二军医大学长海医院
　　13.华中科技大学同济医学院附属协和医院
　　14.北京大学第三医院
　　15.中国医学科学院阜外心血管病医院
　　16.中国医科大学附属第一医院
　　17.首都医科大学附属北京安贞医院
　　18.中南大学湘雅医院
　　19.浙江大学医学院附属第一医院
　　20.中南大学湘雅二医院——