【摘 要】
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应用MM/PBSA方法研究了CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响.结果表明,活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体相互作用自由能有一定的贡献,其贡献的大小随配体不
【机 构】
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四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室,西华师范大学化学化工学院,
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应用MM/PBSA方法研究了CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响.结果表明,活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体相互作用自由能有一定的贡献,其贡献的大小随配体不同而有所差异,导致这种差异的主要原因是活性位点内溶剂水分子与蛋白残基和配体之间形成了不同的氢键相互作用网络。
The effect of water molecule in CDK2 active pocket on CDK2-ligand free energy was studied by MM / PBSA method.The results showed that the water molecule in the active pocket had a certain contribution to the free energy of CDK2-ligand interaction, and its contribution Varies with the size of the ligand. The main reason for this difference is the formation of different hydrogen bonding interaction networks between solvent water molecules and protein residues and ligands in the active site.
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