本研究比较了25个不同品种（系）苦瓜果肉中营养成分、功能成分含量和总抗氧化能力差异，并分析了功能性成分与苦瓜总抗氧化能力的相关性，以期为鲜食和加工型苦瓜品种选育、苦瓜功能食品开发提供依据。结果表明，不同品种（系）苦瓜果肉维生素C、可溶性蛋白、纤维素、氨基酸和总酸含量呈显著性差异，平均值分别为85.71μg/g、7.98 mg/g、319.04 mg/g、1.45 mg/g、0.41%，变异系数分别为28.47%、29.07%、11.05%、43.45%、12.20%。不同品种（系）苦瓜总皂苷、多糖、类黄酮和总酚含量呈显著性差异，平均值分别为5.02 mg/g、38.36 mg/g、2.64 mg/g、7.68 mg/g，变异系数分别为45.62%、25.47%、21.97%、18.49%。不同苦瓜品种（系）1,1-二苯基-2-苦基苯肼自由基（1,1-diphenyl-2-picrylhydrazy, DPPH）、2,2’-联氮-双-3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸（2,2’-azinobis-3-ethylbenzothiazoline-6-sulphonic acid diammonium salt, ABTS+）和铁离子还原能力（Ferric reducing/antioxidant power, FRAP） 3种抗氧化能力的平均值分别为1.73、67.38、11.62μmol Trolox/g，变异系数分别为19.65%、17.25%、31.50%。总酚含量与苦瓜总抗氧化能力呈显著性相关。研究发现，25个品种（系）苦瓜果肉的营养物质含量、功能性成分含量和抗氧化值具有显著的基因型差异，果肉中的总酚含量是苦瓜抗氧化活性的主要物质基础。在苦瓜新品种选育以及栽培中应当根据不同的用途选择对应的品种，有利于发挥品种的优势和商用价值。