【摘 要】
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为了确定秋茄叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,以筛选到的50条蛋白质编码序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性进行分析。结果表明:秋
【机 构】
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北部湾大学广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室,中国科学院亚热带农业生态研究所亚热带农业生态过程重点实验室
【基金项目】
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广西高校中青年教师基础能力提升项目(KY2016YB496,2018KY0621),广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室项目(2019ZB01)
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为了确定秋茄叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,以筛选到的50条蛋白质编码序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性进行分析。结果表明:秋茄叶绿体基因组密码子第3位的GC含量(GC 3)较低,平均值为27.62%,有30个密码子的相对同义密码子使用度(U RSC)>1,其中以A/U结尾的密码子29个,说明秋茄叶绿体基因组偏向使用以A/U结尾的密码子;有效密码子数(N ec)的平均值为47.02,密码子使用偏好性较弱;N ec和GC 3之间呈显著正相关(r=0
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